Im Jahre 1743 bezog Sjoerd Hannema das Haus. Sein Sohn Jan Hannema (1746-1825) war Geneverbrenner und hatte seinen Betrieb im hinteren Teil des Wohnhauses. Das Fundament der Brennerei ist noch immer im Museum zu sehen. Die ältesten Teile des Vorhauses stammen aus rund 1545 und die monumentalen Giebel, die noch heute zu sehen sind, stammen aus den Jahren 1744 und 1825. Die Hannemas betrieben eine Saline, in der rohes Salz raffiniert wurde. Zu Beginn des 20. Jahrhunderts handelten die Hannemas auch mit Südfrüchten und eine Agentur der Niederländischen Bank war im Hinterhaus gefestigt.

Der letzte Bewohner, Leendert Jacobus Hannema (1889-1964), stiftete 1957 das Museum im früheren Geschäftsraum der Firma Sjoerd Hannema. Nach seinem Tod im Jahre 1964 wurde auch das Vorhaus als Museum in Gebrauch genommen und kam der gesamte Komplex durch ein Legat in Besitz der Gemeinde Harlingen, die das Hannemahuis seitdem betreibt. Das Museum sammelt und zeigt Objekte und Geschichten, die von Bedeutung sind für die Harlinger (Kunst-) Geschichte. Neben der Dauerausstellung werden auch regelmäßig Wechselausstellungen organisiert.